Die Pauluskirche wurde 1907 als dritte evangelische Kirche in Freiburg und als bis heute einziges evangelisches Gotteshaus in der Kernstadt erbaut. Zunächst wurde offiziell keine Kirche gebaut, sondern ein „evangelisches Gemeindehaus mit Betsaal“. Mit dem Gemeindehaus ist der bis heute für Veranstaltungen genutzte Paulussaal gemeint. Zahlreiche national und international bekannte Künstlerinnen und Künstler sind im Laufe der Jahrzehnte hier mit ihren Vorstellungen aufgetreten. Der „Betsaal“ ist die Kirche im ersten Stock, in der aktuell jeden Sonntag zwei Gottesdienste hintereinander gefeiert werden.
Das ganze Anwesen wurde im 2. Weltkrieg beschädigt und zunächst nur notdürftig repariert. In den 60er Jahren wurden dann Saal und Kirche einer Generalsanierung unterzogen und auf den damaligen Stand der Zeit gebracht. Die Kirche erhielt ihren heutigen Zuschnitt, die Bänke und die Kirchenfenster.
Bis 2002 war sie die Heimat der Evangelischen Paulusgemeinde, die aber immer weniger Gemeindeglieder zählte. Daher beschloss der ehemalige Evangelische Kirchengemeinderat, das Gemeindegebiet der Petrusgemeinde in der Unterwiehre zuzuschlagen und für die Pauluskirche sowie für den Saal eine neue Verwendung zu finden. In dieser Situation sah die Evangelische Stadtmission gemeinsam mit der Evangelischen Kirche Freiburg die Chance zur Entwicklung einer neuartigen Gemeindearbeit. Der Evangelische Oberkirchenrat stimmte der Gründung einer landeskirchlichen Pfarrgemeinde ohne Gemeindegebiet, einer sogenannten Personalgemeinde, zu. Seit 2003 wurde das Gebäude auf Basis eines Mietvertrags von der Evangelischen Stadtmission genutzt, ab 2018 in Erbpacht.

Von April 2016 bis Ende 2017 wurde das Gesamtgebäude einer Generalsanierung unterzogen. Im Februar 2018 fand die Wiedereinweihung statt. Nun wird das Gebäude drei Funktionen erfüllen: Veranstaltungsbetrieb im Paulussaal, Gottesdienste und Gemeindeleben in der Pauluskirche und dem Seitenflügel des Hauses, wochentags Vorlesungsbetrieb der Uni-Freiburg in Paulussaal und -kirche.

Der Paulussaal ist Freiburgs traditionsreichster Konzertsaal, erbaut 1907 und Anfang der 60er Jahre grundlegend renoviert. Das Veranstaltungsspektrum war schon immer breit angelegt. Ältere Freiburger erinnern sich vielleicht noch an Boxkämpfe und Modenschauen in den 50er-Jahren des 20. Jahrhunderts. Von Anfang an besonders mit dem Paulussaal verbunden waren die Albert-Konzerte. Aber auch Jazzgrößen wie Dizzy Gillespie gaben ihre Freiburger Gastspiele im Paulussaal. Daneben wurde und wird der Saal immer wieder auch für große Gottesdienste genutzt.